Au moment où la clôture fut entreprise, les stalles occupaient seulement les deux premières travées du chœur. Les entrées latérales furent alors prévues et exécutées dans la troisième et la treizième travées.
En 1532, alors que la clôture était tout juste terminée, on décida de modifier la disposition du chœur en augmentant le nombre de stalles et en déplaçant l’autel.
Il fut donc nécessaire de boucher les portes latérales existantes et d’en percer de nouvelles dans les quatrième et douzième travées.
Ces portes furent élargies, encadrées de marbre et fermées par des grilles au XVIIIe siècle.
Les traces des anciennes portes sont encore visibles à la troisième travée (grand arc en anse de panier sous la scène représentant le songe de Joseph).
Au XVIIIe siècle, le chœur fut complètement réaménagé par l’architecte Victor Louis. La clôture du chœur de Jehan de Beauce fut alors considérablement modifiée.
On plaça de chaque côté du chœur, derrière les stalles, les grands bas-reliefs sculptés par Bridan qui s’appuyèrent sur un mur en brique alors construit. Cette nouvelle disposition vint obturer les niches où se trouvent les scènes sculptées qui étaient à l’origine visibles de l’intérieur du chœur mais de dos. Elles apparaissent maintenant dans des niches sombres.
En dessous, le cancel était originairement à claire-voie. Les meneaux en furent aveuglés par du plâtre. Seule la chapelle saint Martin, qui est vitrée, donne une idée de l’aspect que présentait l’ensemble de la clôture lorsqu’elle était évidée.
